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税务机关对丢失增值税专用发票的纳税人，可以按发票管理办法未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。
2.纳税人丢失空白普通发票后，必须按规定程序向当地主管税务机关报告，丢失普通发票的纳税人必须自行到辖区内的地级市报刊上刊登丢失声明，然后填报《发票丢失被盗登记表》，持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回或作废手续。
税务机关对丢失空白普通发票的纳税人，可以按发票管理办法第三十六条未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。
丢失已开具的增值税专用发票如何处理
纳税人将已经填开的增值税专用发票丢失，应主要依据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发[2006]156号)第二十八条和第二十九条的规定处理。
纳税人丢失增值税专用发票各联次，具体处理分为已认证和未认证两种情形。
用票单位和个人要按规定建立发票保管制度,遇有发票被盗、丢失发票、损(撕)毁发票情况,要查明原因向主管国税机关书面报告,申请挂失作废并接受处理,按照发票管理办法。发票的丢失处理在财务人员心中都是非常麻烦的，挂失、处罚、登报、抄报税证明等等。用票单位和个人丢失发票应于发票丢失的当日书面报告地税机关,填写"发票挂失声明申请审批表",此表一式三份,税务机关一份、纳税人一份、由纳税人交新闻媒体(暂无明确规定哪些媒体)一份用于媒体详细刊登所丢失发票的具体内容.同时,丢票单位还要填制"纳税人核销发票审批表",税务机关将审核过的"纳税人核销发票审批表"上的内容录入微机,同时登记"核销发票登记账户。
一、发票丢失的后果
1、纳税信用评价将被扣分
未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的，扣3分。
2、最高罚款三万
丢失发票或者擅自损毁发票的，处1万元以下的罚款；情节严重，处1万元以上3万元以下的罚款。
二、发票丢失后果严重，教大家3招以防万一
1.规范发票交接的手续、流程，建立追责机制，财务部门建立《发票管理台账》
2.“发票开具申请单”上注明经手人和具体经手时间，完善发票开具审批流程
3.在合同条款中约定接收发票人。
三、发票丢失的不同处理方式
1、丢失空白发票
向税务局报告—接受处罚。
2、丢失已经开具的增值税专用发票
遗失报告—接受处罚—根据专票丢失联次做相应的处理。
3、丢失已经开具的普通发票
报告—处罚—取得记账联复印件、并凭借相应证明入账。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条第九项规定：“违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。第三十六条规定：“跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
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