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农产品增值税税率为9%。纳税人从农业生产者手中购进农产品，按销售发票和收购发票注明的买价和9%扣除率计算进项税；如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，即相当于实际扣除率为10%。
蔬菜及鲜活肉蛋：对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。蔬菜流通环节免征增值税。目前流通环节水果不属于免税范围。
纳税人经销蔬菜免征增值税，只能开具免税的增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。农业生产者销售自产农产品、农民专业合作社销售其成员自产的农产品免征增值税，只能开具免税的增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。
增值税一般纳税人购进的免税农产品收购发票金额可按规定的扣除率计算抵扣进项税额，农副产品收购发票的开据和使用有两种情况：
第一种是：农民销售自产的农副产品，由收购企业开具的农产品收购发票，
第二种是：非农户企业、农场、林场、开发公司销售自产农产品或经过对农产品生间加工后销售农产品使用的货物销售发票。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
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